Banco de dados genômico em plantas: Bioinformática na investigação de miRNA e Elementos Transponíveis

Gabriel Yuri Alves de Antonio; Alexandre Rossi Paschoal; Alan Péricles Rodrigues Lorenzetti; Douglas Domingues

doi:10.20906/CPS/SICITE2015-0763

Resumo

Este trabalho de iniciação cientifica apresenta a integração de dados sobre microRNAs e elementos transponíveis em genomas vegetais resultando assim o projeto, sistema e banco de dados Plant Transposable Element-related miRNA Database (PlanTE-MIR DB - http://bioinfo-tool.cp.utfpr.edu.br/plantemirdb). Este projeto é um recurso acessível para a comunidade científica fazerem suas pesquisas de interesse no campo de estudo da relação entre elementos transponíveis e miRNAs em genomas vegetais, uma vez que não existe nenhum outro repositório com essa finalidade. Elementos Transponíveis (TEs) estão presentes em quase todos os genomas já estudados e desempenham grande importância em sua evolução, bem como na organização dos genomas. Os TEs podem ser responsáveis pela formação de RNAs não codificadores funcionais (ncRNAs), como a classe dos microRNAs (miRNAs), os quais podem atuar na regulação pós-transcricional de genes e têm importância em aplicações da biotecnologia vegetal. O banco de dados armazena informações de 10 diferentes espécies de vegetais e a plataforma torna a visualização desses dados fácil e organizada. O desenvolvimento deste trabalho se baseou no fluxo de quatro etapas que foram realizadas e que poderiam ser refatoradas conforme fosse necessário. Modelagem e implementação do banco de dados: esta etapa foi responsável pelo desenvolvimento banco de dados em geral, ou seja, criação das tabelas, atributos e relacionamentos. Prototipação de tela: foi elaborado os protótipos das tela de busca e apresentação dos resultados. Desenvolvimento do Front-end do sistema: essa etapa definiu a forma como o conteúdo seria apresentado na tela, a estrutura hierárquica das informações e a aplicação do design para exibição das informações. Desenvolvimento do Back-end do sistema: etapa responsável por toda parte do funcionamento do sistema, como as informações serão trazidas do banco de dados e como os usuários vão acessar essas informações.

Palavras-chave: Bioinformática; microRNAs; Elementos Transponíveis; Plantas; Banco de Dados