Integração de Dados da Arabidopsis thaliana

Euler Angelo de Menezes Junior; Fabrício Martins Lopes

doi:10.20906/CPS/SICITE2015-0484

Resumo

Na era da informação, a quantidade de dados produzida é tão grande que supera a quantidade que conseguimos processar e analisar. Gerenciar e processar dados que crescem exponencialmente em tamanho em um curto período de tempo, é um dos maiores desafios da informática. Isso não é diferente no contexto de dados biológicos, onde a tecnologia de aquisição das expressões gênicas vêm evoluindo rapidamente, sendo possível obter a expressão gênica de milhares de genes simultaneamente e em múltiplos instantes de tempo. Com a grande quantidade de dados gerados, eles foram espalhados por vários bancos de dados públicos, como TAIR, KEGG e NCBI, porém muitos em formatos diferentes, dificultando a aplicação algoritmos computacionais. Sendo assim, viu-se a necessidade de integrar todos esses dados em um único banco de dados, categorizar de uma forma mais simplificada e indexar as informações com identificadores únicos e numéricos para uma possível aplicação de fórmulas matemáticas e estatísticas. Na bioinformática, a inferência de redes de regulação gênica (GRNs) a partir de seus perfis de expressão é um problema a ser solucionado, sendo necessário o desenvolvimento de métodos alternativos para montar as redes de forma mais adequada e precisa. Tomamos como estudo de caso a planta Arabidopsis thaliana, onde é feita a integração dos dados biológicos obtidos dos bancos de dados públicos, e disponibilização dos mesmos para visualização em uma interface WEB, tão como uma API onde a partir dela é possível montar e inferir as GRNs.

Palavras-chave: Integração de Dados; Arabidopsis thaliana; Bioinformática